L'arbre Mojo, prêt à mourir, convoque la fée Navi pour qu'elle aille chercher ce Link et l'amener auprès de lui. Navi se rend alors dans la forêt, va chercher Link, celui-ci la suit, s'équipe d'une épée et d'un bouclier, puis va voir l'arbre Mojo. Celui-ci est mourant, et explique à Link qu'il y a une vilaine bête qui lui ronge les racines. Link entre alors dans l'arbre par la bouche de celui-ci, tue la vilaine araignée qui rongeait l'arbre et revient lui parler.
Avant le début du temps, avant que vie et esprit existent, trois déesses d'or descendirent sur l'amas chaotique qu'allait devenir Hyrule. Din, déesse de la Force sculpta le monde et créa la terre rouge. Nayru, déesse de la sagesse, innonda la terre et créa l'esprit et la loi. Farore, déesse du courage donna vie aux êtres issus de l'ordre et de la loi. Les trois déesses, une fois leur oeuvre accomplie s'en retournèrent vers les cieux. A leur départ, elles laissèrent trois triangles d'or, une relique de leur pouvoir offrant le pouvoir absolu à celui qui les touchera...
Le but de l'arbre Mojo n'était pas de raconter cette légende. C'était surtout de dire à Link que le vil Ganondorf était à la recherche de la trifoce, ces triangles d'or, ce même Ganondorf qui avait maudit l'arbre Mojo parce qu'il avait refusé de lui céder la pierre ancestrale de la forêt. L'arbre la donna donc à Link en qui il avait confiance, et mourut.
Link et Navi s'en allèrent alors vers Hyrule, afin de rencontrer la princesse de la destinée, comme le lui avait conseillé l'arbre Mojo.
Mais Hyrule est une immense plaine sur laquelle il est presque impossible de s'y retrouver quand on ne connaît pas. Link et Navi sont tous deux impressionnés et effrayés, mais un hibou fait son apparition pour les guider un peu mieux. Il leur indique l'emplacement du château d'Hyrule. Link réussit à s'y rendre juste avant la nuit. Avant le château, il y a le bourg dans lequel Link rencontre le petite Malon, à la recherche de son père. Mais Link a autre chose à faire, il va au château et demande aux gardes s'il peut passer, mais ceux-ci lui rigolent au nez et finissent par l'expulser. Link, vexé décide d'escalader une falaise et d'entrer, mais là arrive Malon. Elle demande à Link de réveiller son père s'il le voit.
Link entre alors dans le parc du château par effraction. La nuit est tombée depuis un moment déjà, et le petit kokiri peut se faufiler un peu partout. Il arrive près d'une petite fontaine encastrée dans le mur. A côté dort Talon, le père de Malon. Link le réveille, le renvoie chez sa fille, et entre dans le château par la petite fontaine. Le jour vient de se lever. Link passe un peu partout dans l'enceinte du château et arrive dans une cour où se trouve une princesse, sans doute celle de la destinée.
Link va la voir, et celle-ci est toute étonnée, surtout en apercevant Navi. Elle demande alors si Link vient bien de la forêt et éclate de joie quand celui-ci répond "oui". Elle s'apelle Zelda, elle est la princesse d'Hyrule. Elle raconte à Link qu'elle fait un rêve dans lequel des nuages noirs recouvrent les terres d'Hyrule, mais qu'une lueur apparaît et dissipe les nuages. La lueur se matérialise sous la forme d'un petit garçon tenant la pierre ancestrale de la forêt dans les mains. Zelda déduit donc que Link est un élu du destin et lui confie la mission d'aller récupérer les autres pierres ancestrales. Celle du feu et celle de l'eau.
Link, en possession des trois joyaux retourne voir la princesse Zelda, mais le château est pris d'assaut. Un cheval blanc s'enfuit avec sur son dos, une jeune femme, Impa et une petite fille, Zelda. Derrière, un grand homme noir sur un destrier noir, Ganondorf, pousse Link de son chemin et part à la poursuite des deux autres.
Avant de prendre la fuite, Zelda a laissé tomber quelque chose dans la douve. Link va voir. C'est l'ocarina du temps et un message télépathique qui indique à Link la démarche à suivre pour ouvrir les portes du temps et protéger la triforce. Mais quand Link toucha l'épée de Légende, Ganondorf entra avec lui et se retrouva dans le saint royaume, à côté de la triforce.
Sept ans après, Link se réveille dans le saint royaume. Un sage, Rauru lui raconte que Ganondorf a réussi à prendre la triforce et contrôle tout Hyrule. Link est l'élu du temps que l'épée de légende a envoyé dormir, sans doute parce que son corps était trop jeune pour être l'élu... Quoi qu'il en soit, beaucoup de temps à passé, et Link doit retrouver les six autres sages prisonniers dans des temples.
Link part retrouver le sage de la forêt, qui est son amie d'enfance Saria, le sage du feu est Darunia, le Goron qui avait confié la pierre ancestrale du feu à Link, le sage de l'eau est la princesse Ruto des Zoras, le sage de l'ombre est Impa, la nourrisse de la princesse Zelda, le sage du désert est Nabooru, une jeune Gerudo du même rang que Ganondorf mais beaucoup plus pacifique que Link rencontre lors d'un voyage vers le passé.
Le septième sage est la princesse Zelda, cachée sous l'apparence d'un jeune homme : Sheik. Elle explique à Link que la triforce s'est divisée, sept ans auparavant : la triforce du pouvoir est allée à Ganondorf, la triforce de la sagesse est allée à la princesse Zelda, et la triforce du courage à... Link. Mais au moment où la princesse se dévoile, Ganondorf l'emprisonne dans un cristal et la télé porte dans son château. Link s'y rend et avec l'aide spirituelle des six sages, il parvient à faire céder toutes les barrières maléfiques qui protègent la tour de Ganon.
L'affrontement final est imminent. Ganon attaque Link qui lui renvoie tous ses pouvoirs à la bouille, et le frappe à grand coup d'épée jusqu'à ce qu'il se vide de son pouvoir.
Ganondorf tombe, la princesse Zelda se libère, mais la tour s'effondre. Link et Zelda se dépêchent de sortir, mais une fois que tout s'est écroulé, Ganondorf ressort, invoque tout son pouvoir et se transforme en gros monstre incontrôlable, mais Link parvient à le battre, et Zelda l'immobilise avec ses pouvoirs pendant que les six autres sages créent le sceau dimensionnel pour emprisonner Ganondorf dans un Royaume infernal.
Après coups, Zelda renvoie Link dans son temps et se prépare à réparer cette erreur qu'a été de demander à Link d'ouvrir les portes du temps.
